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* 通讯作者：Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性，我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析，涵盖 11 个靶标系统，并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。

四川省国资委相关负责人提到，产业升级不能厚此薄彼，传统产业改造升级、新兴产业培育壮大必须同步推进。

齐鲁网·闪电新闻7月24日讯 日前，“我在新时代文明实践中心读好书”暨“作家进文化书院”主题公益写作讲座在栖霞市举行。

6、狂胜45分后再赢45分！女篮热身赛豪取3连胜：U18中国队杀红眼了？

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近日，新民晚报夏令热线记者和志愿者走访多个上海地铁站点，发现了不少小变化新亮点。

7、520这天，广州发生了一件不一样的事

图片来源：中央气象台 中央气象台7月24日10时继续发布台风橙色预警：今年第12号台风“红霞”（热带风暴级）的中心24日上午8点钟位于菲律宾马尼拉东北方向约505公里的洋面上，中心附近最大风力有8级（20米/秒），中心最低气压为995百帕，七级风圈半径100-380公里。

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8、事发上海！女子几度哽咽：差一点要多等11年才能领到养老金，还好你们千方百计找到了我

法院裁判 浦东法院经审理认为，老林的行为已超出正常家庭矛盾表达的边界。

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10、无罪证据接连显现，韩国共同民主党坐不住了，判决前夕强压法院

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2、上海国际视觉影像产业展览会启幕，打造“视觉无界”光影盛宴

陆先生说曾为明彻山房主人尹昊写过一幅“风已来过，不必追问”，尹先生喜欢得不得了。

3、央视主持人王冰冰，转型演短剧

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4、静·观-第二届全国静物油画作品展 作品选（七）

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5、欣旺达：子公司欣旺达动力拟引入阳光电源、天齐锂业等战略投资者增资8.05亿元

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6、8万元签下林葳名声大噪！宁波男篮官方：聘任霍楠为俱乐部总经理

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7、人口大迁徙基本定了，未来超一半中国人，或将流入这些地方

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作为科学智能（AI for Science, AI4S）领域的标杆赛事，自 2023 年以来，世界科学智能大赛已成功举办三届，累计吸引全球近 30 个国家和地区的 4 万名选手参赛。

8、试训同曦男篮！李奕臻或被广东队清洗，朱芳雨至少裁掉3人？

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第三步：代码优化引擎 AutoSOTA 利用程序数据库（Program Database）与提示词采样（Prompt Sampler），结合大模型集成（LLMs Ensemble）和评估器池（Evaluators pool），实现算法实现的持续精炼。